生殖器疱疹感染的潜伏期为1周至2个月。原发性生殖器疱疹感染者为HSV-1型，经过一定的静止时期，继而发病变为HSV-2型，形成周期性复发。

每次发作的病程也较短，不用药通常7天左右也可消退，继而再犯，发热、精神创伤、酗酒、食物及药物都有可能导致加快复发的时间。其主要原因是：

1、不洁性生活：感染生殖器疱疹，通过性生活传播是其主要的传播途径。尤其是15~30岁性活跃期的青年人，两性关系混乱者发病率高。

2、外伤感染：身体创伤，如手术，可能导致疱疹症状的出现。免疫系统功能低下的时候同样也可能导致疱疹症状的出现。例如，被艾滋病病毒减弱免疫系统功能的人比拥有正常免疫功能的人更常发作生殖器疱疹。这也是生殖器疱疹的发病原因之一。

3、感冒和日光：普通感冒和日光似乎可以触发口腔疱疹(感冒疮)，但是还没有证据证明他们触发生殖器疱疹，多见于自身免疫力低弱者。

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