1. 尖锐湿疣损害或HPV未被彻底去除

有学者发现尖锐湿疣自发性消退或经治疗去除疣体后仍有45%的患者存在HPV潜伏感染，其中67%的患者表现复发，可见这是导致尖锐湿疣复发的主要原因。

2. 尖锐湿疣接种感染

在激光疗法或手术切除疗法等治疗的过程中可能将含有HPV的病变组织污染其他部位，如对尖锐湿疣病变周围或远端粘膜的接种而发生尖锐湿疣。

3. 被HPV污染的物品感染

如患者用过的被HPV污染的毛巾等未加处理，再次接触后可造成尖锐湿疣复发。

4. 性伴HPV感染或尖锐湿疣存在

患者的性伴有HPV感染或尖锐湿疣未治疗，患者尖锐湿疣治疗后如再次与其性接触后则可引起尖锐湿疣的复发。

5.特殊部位存在HPV

有些研究发现某些特殊部位的HPV感染未得到治疗而成为HPV贮藏或庇护所，如女性宫颈部HPV感染、男性尿道口内HPV感染

6. HPV感染的亚型

有学者发现HPV感染的亚型与尖锐湿疣复发有关，如HPV 16型和HPV 18型感染较HPV 6型和HPV 11型感染引起的尖锐湿疣治疗后更容易复发。

7. 尖锐湿疣亚临床表现与HPV潜伏感染尖锐湿疣亚临床表现与HPV潜伏感染存在是引起尖锐湿疣及其复发的最重要的因素。有报道广泛粘膜的尖锐湿疣亚临床表现和HPV潜伏感染可能引起30%-70%尖锐湿疣病例的复发。周华等用PCR技术检测发现在醋酸白试验阴性非皮损区72%HPV阳性者中有37.5%复发。

8. 机体免疫系统的不完整性各种内外因素引起机体免疫功能下降，使机体免疫应答及调节紊乱，最终导致完整的细胞免疫系统平衡失调或缺陷是尖锐湿疣复发恶性循环中的一个重要的因素。

9. 其他因素引起尖锐湿疣复发的其他因素中有患者个人不良卫生习惯、男性包皮过长、女性各种外阴阴道感染以及其引起的分泌物增多造成局部的潮湿环境等。